江戶川柯南原名叫工藤新一，是一名高中生名偵探。在一次追查一個身穿黑衣歹徒時，被其同黨發現並被強迫吃下毒藥而致身體縮小成一個小學生模樣。為了使自己身體回復原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新一於是開始設法隱藏身份。他被小蘭發現時，恰好看到了書架上『江戶川亂步全集』及『柯南道爾傑作選』，於是靈感一動，就以『江戶川柯南』之名來掩飾身份。

故事內容 ：在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑
男子正在密談。此時突然有個戴著面具的黑影男子出現，以武士刀和弓箭瞬間將三人殺害。而在此事件之後，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」之成員。位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像於八年前遭竊，寺院的住持解讀了一張謎樣的圖案以得知佛像藏匿地點，於是請來了小五郎幫忙。而柯南、小蘭和園子也因此跟著來到了京都。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，隨即展開調查。然而當他來到有關義經與弁慶的歷史遺跡時，一名手持竹劍的男子突然來襲！ 那個男子居然是服部平次。為了查出事件的真相，二人決定聯手進行調查。在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影中的謎題與陷阱即將襲擊柯南一行人。難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！